La recherche du “chaînon manquant” dans la chaîne de l’émergence du SRAS-CoV-2 a permis de découvrir deux cousins proches du nouveau coronavirus dans des cargaisons de pangolins introduites clandestinement en Chine.
Il est important de noter que la découverte des chercheurs de Hong Kong et de Chine ne permet pas d’identifier ces précieux mammifères comme la source de la pandémie actuelle. Cependant, la similitude des souches suggère que le marché national du pangolin est une bombe à retardement qui doit être désamorcée.
Depuis que le lien entre l’épidémie de COVID-19 et un marché humide de la province de Hubei a été établi, les recherches se poursuivent pour déterminer l’origine du virus. Les premières études du génome du SRAS-CoV-2 suggèrent qu’il est fort possible que le virus soit apparu dans une colonie de chauves-souris fer à cheval du Yunnan, une province qui borde le Myanmar, pays d’Asie du Sud-Est.
Mais si tel est le cas, il est difficile d’imaginer comment une chauve-souris est devenue une source d’infection dans une ville densément peuplée située à plus de 1 000 kilomètres au nord de sa colonie.
Il est vrai que les étals de ces marchés chinois humides vendent une grande variété d’animaux vivants destinés à l’alimentation et à la médecine traditionnelle, dont beaucoup proviennent des tropiques asiatiques. Il n’est pas certain que des chauves-souris, quelles qu’elles soient, aient pu être présentes, puisque le marché a été vidé bien avant que les premiers signes d’une épidémie ne soient connus.
Mais contrairement aux chauves-souris, il est presque certain que le pangolin était en vente sur ce marché.
La vente illicite de ce mammifère menacé d’extinction, considéré comme un mets délicat et un tonique, est un “secret de polichinelle ” dans une grande partie du pays et constitue un bon point de départ pour la recherche d’un hôte intermédiaire du virus zoonotique
Les tissus congelés de 18 pangolins malais (Manis javanica) ont été obtenus lors d’opérations de lutte contre la contrebande menées par les douanes du Guangxi en 2017 et début 2018.
L’ARN du coronavirus a été trouvé dans six des 43 échantillons d’organes, ce qui permet de relier le virus à cinq animaux individuels. Les techniques de lecture et de remplissage des séquences manquantes ont rapidement fourni à l’équipe une demi-douzaine de génomes détaillés des souches du virus du pangolin.
Aucune d’entre elles ne correspondait au SRAS-CoV-2, mais un certain nombre de séquences se chevauchaient, suggérant que ces virus étaient assez étroitement liés.
Une deuxième chasse à travers un autre lot de tissus de pangolin prélevés lors d’une opération plus tard en 2018 a suivi, sur la base des génomes nouvellement acquis. Cette analyse a révélé trois autres résultats positifs sur 12 animaux.
En plus de ces spécimens de l’opération de Guangxi, l’équipe a analysé des écailles de pangolin, des écouvillons de peau et des tissus non spécifiés provenant d’un centre douanier distinct à Guangzhou, ramassés au début de 2019.
Dans l’ensemble, les génomes des coronavirus nouvellement séquencés présentent tous une similitude de 85,5 à 92,4 % avec le SRAS-CoV-2 et représentent deux lignées de virus apparentés. L’une de ces lignées présente même une “coupe de cheveux” qui ressemble à celle du virus COVID-19, avec des pointes de liaison aux récepteurs remarquablement similaires dépassant de leurs surfaces.
Ces résultats ne sont peut-être pas le pistolet fumant que nous espérons, car la recherche du lien entre le réservoir du coronavirus et les premiers humains infectés se poursuit.
Il s’agit néanmoins d’un signal d’alarme dont nous avons désespérément besoin. Tous ces animaux saisis par les douanes étaient destinés à des marchés d’animaux vivants quelque part en Chine.
Même s’il est impossible de prévoir si ces lignées particulières de coronavirus auraient pu faire un bond dans la population humaine, la pandémie actuelle est née d’une telle branche de l’arbre généalogique.
La vente de pangolins en Chine est déjà loin d’être légale, mais sans la volonté politique de fournir les ressources nécessaires à l’application de la loi, leur vente continuera presque certainement à prospérer, malgré les récentes interdictions généralisées de la vente et de la distribution de viandes sauvages.
Une pandémie mondiale est une incitation tragique à agir. Mais avec les preuves croissantes que les pangolins jouent un rôle important dans l’écologie d’une telle menace potentielle, c’est peut-être le coup de pouce dont la Chine a besoin pour enfin maîtriser son commerce illégal d’animaux.
Cette recherche a été publiée dans Nature.