Les bactéries infectieuses devenant de plus en plus résistantes aux antibiotiques, les chercheurs cherchent de nouveaux moyens de combattre les “superbactéries” qui, selon les prévisions, pourraient tuer 300 millions de personnes d’ici 2050 si nous ne trouvons pas de solution.
Une équipe de microbiologistes de l’université de Tel Aviv, en Israël, vient de mettre au point un moyen pour les virus tueurs de bactéries – appelés phages – de rendre les superbactéries à nouveau sensibles à nos antibiotiques.
Les chercheurs ont décrit la preuve de leur concept dans la revue Proceedings of the National Academy of Sciences la semaine dernière. Ils ont mis au point deux types de phages qui ciblent la bactérie intestinale commune, E. coli.
Le premier est un phage “lytique” qui tue la bactérie. Mais les chercheurs ont également utilisé une méthode d’édition de gènes appelée CRISPR-Cas dans un phage “tempéré” qui pouvait ensuite injecter à E. coli de l’ADN spécifiquement préparé. Ce détournement a permis à la fois de détruire la résistance aux antibiotiques des E. coli et de les protéger contre le phage lytique meurtrier.
Attaquées par des phages mortels d’une part, et par des phages qui détournent l’ADN d’autre part, les bactéries de cette expérience ont été contraintes de modifier leur évolution. Une bactérie qui ne peut pas être tuée par le phage lytique a un avantage sur une bactérie qui peut l’être. Par conséquent, les E. coli détournés, même s’ils étaient sensibles aux antibiotiques, ont survécu à l’attaque du phage et ont pris le contrôle de la population.
Comme le fait remarquer l’équipe dans son article, “[l]e fait de conférer aux bactéries divers gènes de résistance aux antibiotiques peut facilement être accompli par le système CRISPR-Cas, car il peut être programmé pour éliminer tout gène d’intérêt”
La méthode “démontre que les bactéries peuvent être sensibilisées à des antibiotiques approuvés et utiles après l’administration d’un système CRISPR-Cas conçu de manière rationnelle”, rapportent les chercheurs, qui ajoutent : “Elle ne vise pas à tuer directement les bactéries traitées, mais plutôt à les sensibiliser aux antibiotiques et à tuer les bactéries non sensibilisées.”
La plupart des phages ne s’attaquent qu’à une seule espèce de bactéries, ce qui signifie qu’il est possible d’utiliser cette méthode pour ne cibler qu’une seule population bactérienne sans perturber les autres. Toutefois, les chercheurs affirment que la plupart des agents pathogènes ont, quelque part, un virus correspondant qui serait heureux de les attaquer. Il pourrait donc être possible de concevoir toute une armée de phages capables de s’attaquer à un plus grand nombre d’espèces bactériennes. Il s’agirait d’une campagne de guerre impressionnante, bien qu’invisible.
Contrairement aux antibiotiques, qui comportent de petites molécules, les phages sont difficiles à insérer dans les tissus vivants. Mais avec cette méthode, on pourrait traiter les populations bactériennes en dehors du corps. Les auteurs affirment que ces phages de conception pourraient être ajoutés aux désinfectants pour les mains et aux sprays de nettoyage des surfaces dans les hôpitaux, où ils feraient la guerre aux superbactéries. Après l’attaque des phages, de plus en plus de bactéries dans la population resteraient sensibles aux antibiotiques, ce qui pourrait même empêcher l’apparition de nouveaux microbes résistants.
Comme le conclut l’équipe dans son article, si sa stratégie est utilisée à grande échelle, elle pourrait changer la nature des infections nosocomiales “en rendant les bactéries plus sensibles plutôt que plus résistantes aux antibiotiques”.
Voir ci-dessous pour plus de détails sur le fonctionnement de CRISPR-Cas :