Le plus ancien génome humain a été séquencé, et il pourrait réécrire notre histoire

Des scientifiques ont séquencé l’ADN humain le plus ancien jamais obtenu, extrait d’échantillons vieux de 430 000 ans d’une dent et d’un os de cuisse fossilisés, découverts dans la Sima de los Huesos en Espagne, ce qui se traduit par “fosse aux os”.

Ce faisant, l’équipe allemande a trouvé des preuves que les anciens ancêtres de l’homme moderne ont dû se séparer des ancêtres des Néandertaliens des centaines de milliers d’années plus tôt que nous le pensions, ce qui signifie qu’il est peut-être temps pour nous de redessiner l’arbre généalogique de l’homme.

Situé dans le système de grottes Cueva Mayor-Cueva del Silo, dans le centre-nord de l’Espagne, le site archéologique de Sima de los Huesos contient la plus grande et la plus ancienne collection de restes humains jamais découverte. Plus de 6 500 fragments d’os fossilisés – dont plus de 500 dents – provenant d’au moins 28 hominines ont été mis au jour jusqu’à présent.

Avec des restes datant d’il y a 430 000 ans, la fameuse “fosse aux os” permet enfin aux scientifiques de reconstituer l’arbre généalogique de l’homme bien au-delà des 100 000 dernières années et, ce faisant, de remettre en question certaines hypothèses de longue date sur la façon dont nos premiers ancêtres sont apparus.

“C’est fascinant et cela nous tient en haleine d’essayer de donner un sens à tout cela”, a déclaré à Nature Magazine le paléoanthropologue Chris Stringer du Natural History Museum de Londres, qui n’a pas participé à la recherche. “Au lieu de rester bloqués à essayer de résoudre les 100 000 dernières années, nous pouvons vraiment commencer à mettre des dates à partir de l’ADN plus loin dans l’arbre humain”

Jusqu’à récemment, les ossements trouvés à Sima de los Huesos étaient attribués aux premiers ancêtres des Néandertaliens, qui ont évolué environ 100 000 ans plus tôt que ces derniers.

Mais une étude de Nature de 2013 a séquencé le génome mitochondrial d’un fémur trouvé dans la fosse, ce qui a confirmé que le propriétaire était plus étroitement lié aux Denisovans – une espèce humaine éteinte dont les restes avaient précédemment été trouvés à des milliers de kilomètres de là, en Sibérie – qu’aux Néandertaliens.

Cette découverte a eu deux implications importantes : au moins un individu enterré sur le site de la Sima de los Huesos a) n’était pas directement apparenté aux Néandertaliens, et b) était au contraire directement apparenté aux Denisovans, mais existait des centaines de milliers d’années avant les Denisovans eux-mêmes.

Alors, sachant cela, qui étaient exactement ces hominines Sima, et que signifient-ils pour notre compréhension de l’évolution humaine ?

Ces questions ont troublé les chercheurs pendant des années, car si leurs os présentent certaines similitudes avec ceux des Néandertaliens, ils semblent également être liés à ceux des anciens humains.

Ewen Callaway du magazine Nature explique :

“Les crânes des hominidés de Sima présentent les prémices d’une crête frontale proéminente, ainsi que d’autres traits typiques des Néandertaliens. Mais d’autres caractéristiques, et les incertitudes autour de leur âge – certaines études les situent à 600 000 ans, d’autres plus proches de 400 000 – ont convaincu de nombreux chercheurs qu’ils pourraient plutôt appartenir à une espèce plus ancienne connue sous le nom d’Homo heidelbergensis.”

Une équipe dirigée par Matthias Meyer, de l’Institut Max Planck d’anthropologie évolutive en Allemagne, a décidé de mettre fin à la confusion (ou du moins de l’atténuer légèrement) en séquençant l’ADN nucléaire et mitochondrial prélevé sur cinq échantillons d’os (provenant très probablement de différents individus) trouvés à Sima de los Huesos.

Dans la revue Nature d’aujourd’hui, l’équipe explique que, si la majeure partie de l’ADN vieux de 430 000 ans était naturellement dégradée au point d’être méconnaissable, les minuscules parties du génome qu’elle a pu récupérer et décoder ont révélé que ces individus étaient en fait des Néandertaliens primitifs.

Nous avons donc un individu dans la fosse qui est directement lié aux Denisovans – comme le prouve l’étude de 2013 – et une poignée d’individus de l’étude publiée aujourd’hui qui sont liés aux Néandertaliens, et ils sont tous deux datés du même moment de l’histoire.

Qu’est-ce que cela nous dit ? Que les deux groupes – les Néandertaliens et les Denisoviens – ont dû diverger de leur ancêtre commun il y a 430 000 ans, et ce bien avant ce que l’on pensait.

Selon Colin Barras, du New Scientist, cette découverte a des conséquences importantes sur notre propre chronologie :

“Nous savons que les Denisovans et les Néandertaliens partageaient un ancêtre commun qui s’était séparé de notre lignée humaine moderne. À la lumière des nouvelles données de l’ADN nucléaire, l’équipe de Meyer suggère que cette scission pourrait avoir eu lieu il y a 765 000 ans, alors que des études antérieures sur l’ADN l’avaient datée de 315 000 à 540 000 ans seulement, explique Katerina Harvati-Papatheodorou, de l’université de Tubingen, en Allemagne.”

Il est intéressant de noter que cette date de 765 000 ans pour la scission Denisovan-Neanderthal pourrait en fait nous mettre sur la bonne voie pour trouver notre plus ancien ancêtre commun. Comme l’explique Barras, les chercheurs ont émis l’hypothèse que les humains modernes, les Néandertaliens et les Denisovans ont tous évolué à partir d’un hominine ancien appelé Homo heidelbergensis, mais nous avons des preuves qui suggèrent que cette espèce n’a pas évolué avant 700 000 ans.

Nous devrions plutôt considérer une autre espèce appelée Homo antecessor – qui a évolué bien avant l’Homo heidelbergensis – comme étant notre ancêtre commun

Cela signifie qu’il est temps de se mettre à la recherche d’une population d’ancêtres humains ayant vécu entre 700 000 et 900 000 ans pour découvrir d’où nous venons, a déclaré la paléoanthropologue de l’University College London, Maria Martinón-Torres, aumagazine Nature :” Elle pense que l’Homo antecessor, connu par des restes vieux de 900 000 ans provenant d’Espagne, est le candidat le plus solide pour l’ancêtre commun, si de tels spécimens peuvent être trouvés en Afrique ou au Moyen-Orient.”

Et donc, avec plus de connaissances sur notre arbre généalogique incroyablement compliqué vient moins de certitude, mais c’est la beauté de la méthode scientifique à l’œuvre. La chasse est maintenant ouverte pour trouver des restes de H. antecessor qui pourraient révéler qu’il s’agit du véritable ancêtre commun de l’homme moderne, de l’homme de Neandertal et du Denisovan, et ce serait une chose assez incroyable à voir de notre vivant.