Lorsqu’elle frappe, la contagion se propage férocement. L’épidémie mortelle de syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS) survenue dans le sud de la Chine en 2002 a infecté des milliers de personnes et a fini par en tuer près de 800.
Mais d’où venait cette souche mortelle ? Une étude a montré que les chauves-souris vivant dans une seule grotte en Chine possèdent tous les éléments constitutifs du coronavirus mortel du SRAS – et potentiellement les moyens d’en créer un nouveau.
Des chercheurs de l’Académie chinoise des sciences ont passé cinq ans à analyser les virus du SRAS présents chez plusieurs espèces de chauves-souris fer à cheval nichant dans une grotte de la province chinoise du Yunnan.
Au total, l’équipe a identifié 11 nouvelles souches de virus du SRAS transportées par les chauves-souris, et une analyse génomique de celles-ci – ainsi que des souches provenant de la même grotte et identifiées lors de recherches précédentes – a révélé quelque chose d’intéressant.
Des recherches antérieures avaient suggéré que les virus de chauve-souris pouvaient être responsables du SRAS, mais les scientifiques n’avaient jamais découvert de preuve d’un ancêtre direct du coronavirus infectant l’homme dans les souches de chauve-souris.
La nouvelle étude a confirmé cette hypothèse : aucun des virus de la grotte ne présentait, à lui seul, les caractéristiques génétiques du coronavirus du SRAS qui s’est propagé à l’homme, infectant plus de 8 000 personnes pendant la crise de 2002-2003.
Mais ensemble, c’était une autre histoire. Dans cette seule grotte, il y avait suffisamment d’ingrédients génétiques parmi les souches pour construire le virus qui tue les humains.
“Il est important de noter que tous les éléments constitutifs du génome du SRAS-CoV, y compris le gène S très variable, l’ORF8 et l’ORF3, ont pu être trouvés dans les génomes de différentes souches de SRAS-CoV provenant de ce seul endroit”, expliquent les chercheurs dans leur article.
Hypothétiquement parlant, l’équipe suggère qu’il est possible – voire probable – que si les bonnes souches se mélangent les unes aux autres dans la grotte, on se retrouve avec l’ancêtre direct d’un virus qui peut infecter et tuer des personnes.
“Nous supposons que l’ancêtre direct du SARS-CoV pourrait être le résultat d’une recombinaison séquentielle entre les précurseurs de ces SARSr-CoV de chauve-souris avant qu’ils ne soient transmis à un hôte intermédiaire”, écrivent les chercheurs.
Bien sûr, il ne s’agit pour l’instant que d’une hypothèse, mais elle a été qualifiée de convaincante à 99 % par au moins un virologue chinois n’ayant pas participé à la recherche.
Si l’idée d’une recombinaison du virus est solide, nous ne savons toujours pas comment la souche mortelle a voyagé de la grotte de la province du Yunnan à la province du Guangdong, distante d’environ 1 000 kilomètres.
Cette explication pourrait nous aider à identifier avec certitude tous les précurseurs qui ont donné naissance au SRAS, mais pour l’instant, il y a quelque chose de plus urgent à étudier.
Des expériences menées en laboratoire suggèrent que trois des souches de chauve-souris nouvellement découvertes pourraient avoir le potentiel d’infecter des cellules humaines comme l’a fait leur prédécesseur mortel – grâce à des séquences de protéines S capables d’infecter notre récepteur ACE2.
Il n’y a pas lieu de paniquer, mais cela montre que si la recherche sur des virus comme le SRAS semble se concentrer sur la manière dont les épidémies passées ont été possibles, c’est uniquement pour que nous puissions prévenir les décès futurs par les mêmes vecteurs.
“Les virus sont prêts à provoquer de nouvelles épidémies”, a déclaré à Science News le virologue Ralph Baric, de l’université de Caroline du Nord, qui n’a pas participé à l’étude. “Nous ne pouvons pas baisser la garde”
Les conclusions sont rapportées dans PLOS Pathogens.