Lorsque les humains modernes ont commencé à émerger d’Afrique et à se répandre en Eurasie, ils ont trouvé de nombreux endroits déjà occupés par des hominines plus anciens, comme les Néandertaliens et les Denisoviens. Comme le font les humains, nous avons sympathisé avec nos nouveaux voisins : les traces de ces échanges se retrouvent aujourd’hui dans notre ADN.
Mais nous commençons également à entrevoir quelque chose d’étrange dans notre voisinage – des traces d’hominines anciennes et inconnues que nous n’avons jamais vues auparavant.
“Chacun de nous porte en lui les traces génétiques de ces brassages passés”, a déclaré le biologiste João Teixeira, de l’université d’Adélaïde.
“Ces groupes archaïques étaient très répandus et génétiquement diversifiés, et ils survivent en chacun de nous. Leur histoire fait partie intégrante de la façon dont nous sommes apparus.”
Après avoir analysé de près la littérature existante, Teixeira et son collègue biologiste Alan Cooper ont identifié deux de ces ancêtres “fantômes” dans l’ADN moderne. Le premier, identifié dans l’ADN eurasien avec l’aide de l’intelligence artificielle, a fait l’objet d’une large diffusion au début de cette année.
Le second, en revanche, a été signalé l’année dernière, un détail qui est passé sous le radar d’un article plus important : une signature génétique mystérieuse, et peu concluante, trouvée exclusivement dans la population de Flores, en Indonésie. Elle semble aussi divergente de l’ADN de l’homme moderne que l’ADN de l’homme de Neandertal ou de Denisovan.
En analysant soigneusement ces signatures génétiques, les biologistes ont pu retracer quand et où ces métissages ont pu avoir lieu.
“Par exemple, toutes les populations actuelles présentent environ 2 % d’ascendance néandertalienne”, a déclaré Teixeira, “ce qui signifie que le mélange des Néandertaliens avec les ancêtres des humains modernes s’est produit peu après leur départ d’Afrique, probablement il y a environ 50 000 à 55 000 ans, quelque part au Moyen-Orient.”
Lorsque les humains modernes se sont déplacés plus à l’est, à travers les îles de l’Asie du Sud-Est, ils semblent avoir rencontré d’autres groupes.
“Au moins trois autres groupes humains archaïques semblent avoir occupé la région, et les ancêtres des humains modernes se sont mélangés avec eux avant que les humains archaïques ne s’éteignent”, a déclaré Teixeira.
L’un de ces groupes était les Denisovans. Les deux autres restent un mystère.
Le premier hominine éteint inconnu – nommé EH1 – était à peu près équidistant génétiquement des Denisovans et des Néandertaliens. L’ancêtre de toutes les populations asiatiques et australo-papoues s’est reproduit avec EH1, ce qui a donné lieu à un partage de 2,6 à 3,4 % d’ascendance EH1.
(João Teixeira)
Il est moins fort maintenant, mais ce signal génétique peut encore être détecté dans l’ADN des Australiens aborigènes, des Asiatiques orientaux et des habitants des îles Andaman. Cela a conduit les chercheurs à conclure provisoirement que EH1 occupait probablement une région du nord de l’Inde, où un groupe d’humains modernes – la branche migratoire qui s’est rendue en Asie, en Australie et dans les îles Papoues – les a rencontrés (1 sur la carte ci-dessus).
Les humains modernes semblent également s’être croisés avec les Dénisovans dans un certain nombre de lieux, comme l’Asie de l’Est, la plate-forme de la Sonde et les Philippines (2, 3 et 4 sur la carte).
Les preuves de l’existence de EH2 – l’hominine éteint qui s’est croisé avec les humains modernes à Flores – sont un peu moins claires. Il n’apparaît que chez les personnes de petite taille qui vivent près de la grotte de Liang Bua, où l’Homo floriensis a été découvert. Il s’agit donc d’un phénomène très localisé, qui est resté en quelque sorte contenu pendant les quelque 50 000 ans qui ont suivi la rencontre des deux groupes (5 sur la carte).
Ce phénomène doit évidemment faire l’objet de recherches supplémentaires. Mais il semble bien que l’histoire de l’humanité soit très embrouillée.
“Nous savions que l’histoire de l’Afrique n’était pas simple, mais elle semble être bien plus complexe que nous ne l’avions envisagé”, a déclaré M. Teixeira.
“La région de l’Asie du Sud-Est insulaire était clairement occupée par plusieurs groupes humains archaïques, vivant probablement dans un isolement relatif les uns des autres pendant des centaines de milliers d’années avant l’arrivée des ancêtres des humains modernes.”
Malheureusement, il semble aussi que l’arrivée des humains modernes ait été assez étroitement suivie par l’extinction des hominines archaïques dans chaque région. C’est ce qu’on appelle être “fantôme”.
Les recherches ont été publiées dans PNAS.