Au plus profond de notre ADN se cache un héritage de luxure et de romance entre des lignées humaines éloignées qui se reconnectent au cours d’un voyage épique autour du globe. Il semble maintenant que nous ayons mal interprété les détails clés de cette histoire érotique.
Une nouvelle méthode d’analyse de nos génomes à la recherche de traces de gènes néandertaliens a révélé que les populations africaines modernes – longtemps considérées comme exemptes de néandertaliens – ont aussi un héritage mixte après tout.
“C’est la première fois que nous pouvons détecter le signal réel de l’ascendance néandertalienne chez les Africains”, explique le généticien Lu Chen de l’université de Princeton, aux États-Unis.
“Et de manière surprenante, il a montré un niveau plus élevé que ce que nous pensions auparavant”
Cette découverte a des implications sur la façon dont nous interprétons les études précédentes sur la propagation des gènes qui ont pénétré notre arbre généalogique alors que nous étions encore en train de migrer sur le continent asiatique.
Les premières conclusions sur l’ADN de Néandertal dans les populations modernes d’Asie, d’Europe et d’Amérique ont déterminé qu’en moyenne, autour de Néandertal. 2 pour cent de notre génome a évolué dans une population de
Depuis lors, une multitude d’études ont révélé que cette minuscule fraction comporte de grandes responsabilités. Non seulement ces gènes affectent potentiellement une poignée de traits physiologiques visibles, mais ils semblent aussi avoir renforcé notre système immunitaire pour qu’il puisse faire face à davantage d’agents pathogènes.
Nous avons également constaté que le pourcentage varie considérablement d’un pays à l’autre. Si vous avez des ancêtres asiatiques, vous avez probablement 20 % d’ADN néandertalien en plus que si vous descendez d’une souche européenne, par exemple.
En revanche, on pensait que les personnes d’origine africaine n’avaient pas bénéficié du produit de cette ancienne liaison, les chercheurs n’ayant pas trouvé de trace des séquences néandertaliennes dans les populations africaines modernes.
Sans savoir exactement à quoi ressemblerait un génome néandertalien complet, ni quelle proportion de celui-ci se trouve dans notre propre corps, les chercheurs se sont traditionnellement appuyés sur des méthodes statistiques qui comparent diverses séquences d’ADN à un point de référence. En supposant que notre patrimoine génétique moderne s’est écoulé avec une population humaine migrante, d’ouest en est, les ancêtres restés en Afrique ont établi une ardoise vierge en ce qui concerne les gènes néandertaliens.
L’utilisation des résultats de ces études n’a fait que vérifier davantage ces hypothèses.
Compte tenu des progrès de l’analyse de l’ADN de Néandertal, Chen et ses collègues ont adopté une approche différente fondée sur ce que l’on appelle l’identité par filiation (IBD).
Plutôt que de s’appuyer sur des points de référence supposés pour établir des comparaisons, l’équipe est allée directement au génome séquencé de l’homme de Néandertal et a appliqué le principe selon lequel les relations familiales proches sont plus susceptibles d’avoir davantage de séquences génétiques en commun.
Vous et vos frères et sœurs partagez, en moyenne, environ la moitié de votre ADN. Cette statistique chute d’un chiffre prévisible lorsque vous comparez vos gènes à ceux de vos grands-parents.
Remontez un demi-million d’années en arrière, à l’époque où les Néandertaliens et les humains modernes partageaient des membres de leur famille, et nous pouvons trouver une fraction de notre ADN que nous pourrions nous attendre à partager simplement parce que nous sommes apparentés.
En appliquant cette approche à 2 504 génomes modernes issus du projet 1000 génomes, les chercheurs ont découvert qu’il existe effectivement des portions d’ADN enfouies dans les génomes africains qui proviennent de l’homme de Néandertal vivant sur le continent asiatique longtemps après que nous nous soyons séparés.
Plus précisément, environ 0,3 % du génome de l’Africain moyen était autrefois partagé par un Néandertalien. La totalité de cet ADN, à l’exception d’une petite fraction, se retrouve également dans des populations non africaines, ce qui suggère que ces gènes n’ont pas été acquis lors de croisements distincts.
On ne peut qu’imaginer les descendants du mélange historique des Néandertaliens retournant vers l’ouest au cours des 20 000 dernières années, apportant avec eux leurs nouveaux gènes brillants en Afrique alors qu’ils retraçaient les pas de leur famille vers le soleil couchant. Il ne s’agit pas seulement d’une idée intéressante, mais d’un scénario étayé par des simulations basées sur des chiffres.
Qui plus est, une partie de l’ADN de l’homme de Néandertal contenait lui-même des signes évidents de gènes hérités de migrants humains récents, laissant entrevoir aux chercheurs un jeu complexe de transmission génétique.
La remise à zéro d’un point de référence important pour déterminer nos quantités respectives d’ADN néandertalien nous oblige à revoir nos conclusions antérieures.
Alors que des recherches antérieures affirmaient que les Asiatiques de l’Est possédaient 20 % d’ADN néandertalien de plus que les Européens, la prise en compte de ces nouveaux chiffres signifie que ce chiffre pourrait en réalité n’être que de 8 %.
Kelley Harris, généticien des populations à l’université de Washington, n’a pas participé à l’étude, mais pense que les résultats devraient obliger les autres chercheurs à recalculer leurs chiffres.
“Nous pourrions être amenés à revenir en arrière et à réexaminer un certain nombre de résultats de la littérature publiée pour évaluer si le même problème technique a perturbé notre compréhension du flux génétique chez d’autres espèces”, déclare Harris.
L’ajout d’un plus grand nombre de génomes de Néandertaliens pour constituer une meilleure bibliothèque de référence pourrait améliorer la précision de la méthode, tandis que l’utilisation de la même approche avec les génomes de Denisovans pourrait également révéler un tissu complexe de relations humaines à travers le temps et le monde.
Cette recherche a été publiée dans Cell.