Les scientifiques qui ont affirmé que CRISPR était dangereux ne peuvent même pas reproduire leurs propres résultats

Une étude alarmante selon laquelle la technique d’édition de gènes CRISPR pourrait produire des centaines de mutations inattendues dans les génomes édités a maintenant été suivie par ses auteurs, qui affirment ne pas pouvoir reproduire leur résultat controversé.

Cette reconnaissance – qui intervient dans le cadre d’un rapport sur de nouvelles expériences sur des souris qui n’ont pas introduit de telles mutations – n’est pas techniquement une rétractation de leurs résultats antérieurs, mais elle contribue largement à montrer que les signaux d’alarme n’auraient probablement jamais dû être tirés en premier lieu.

Dans le cadre de cette nouvelle étude, l’équipe a procédé au séquençage du génome entier de deux lignées de souris qui avaient subi une procédure d’édition CRISPR.

Dans leur étude originale, ils ont effectué la même analyse – et c’était la première fois qu’un séquençage du génome entier avait été réalisé sur un organisme vivant soumis à une modification génétique CRISPR.

Mais contrairement aux résultats initiaux, dans les nouvelles expériences, aucune variante génétique involontaire n’est apparue après les modifications génétiques.

Ces résultats contrastent fortement avec ceux de la première étude de l’équipe, dans laquelle les deux souris modifiées par CRISPR avaient subi plus de 1 500 mutations mononucléotidiques, ainsi que plus de 100 délétions et insertions plus importantes qui n’étaient pas prévues.

Ces variations sont apparues dans des parties “hors cible” du génome des animaux, ce qui suggère que si l’édition CRISPR peut modifier le code génétique pour corriger certaines anomalies, elle peut aussi introduire des mutations indésirables ailleurs dans le génome.

“Nous pensons qu’il est essentiel que la communauté scientifique prenne en compte les dangers potentiels de toutes les mutations hors cible causées par CRISPR”, a déclaré à l’époque l’un des membres de l’équipe, le biologiste cellulaire Stephen Tsang de l’université Columbia.

Il s’agit d’une préoccupation légitime, et nous devons certainement y être attentifs.

Mais les problèmes que d’autres scientifiques ont rencontrés avec ces résultats alarmants ne concernaient pas l’approche globale de l’équipe, mais les lacunes de leur méthode.

Peu après la publication de l’article, une critique de l’article original par une autre équipe a souligné que les deux souris modifiées génétiquement dans l’expérience étaient génétiquement plus proches l’une de l’autre que de la troisième souris “témoin”.

L’implication était que les “mutations inattendues” que l’équipe de Tsang avait détectées n’étaient pas le résultat de CRISPR, mais simplement dues à la génétique préexistante des souris sélectionnées pour l’étude.

Et puisque leur échantillon d’animaux dans l’expérience était si petit, les résultats n’étaient pas seulement peu fiables, ils étaient trompeurs – d’autant plus que les chercheurs n’ont pas hésité à dire que ce type d’analyse n’avait jamais été fait auparavant, laissant entendre qu’il révélait de dangereuses lacunes dans CRISPR.

En raison du niveau de controverse et d’inquiétude suscité par l’étude originale, les rédacteurs de Nature Methods – la revue dans laquelle l’article a été publié – ont officiellement déclaré qu’ils étaient préoccupés par la véracité des résultats, étant donné qu’une “autre interprétation proposée est que les changements observés sont dus à une variation génétique normale”.

Si l’équipe de Tsang ne partageait pas ces inquiétudes, elle s’est néanmoins suffisamment préoccupée de la question pour la réexaminer dans sa nouvelle recherche, et son analyse Corrigendum (correction) est une justification pour CRISPR, reconnaissant que l’hypothèse des “mutations inattendues” était, pour autant que nous le sachions, une erreur et rien de plus.

Tout en défendant leur “préoccupation raisonnable” concernant de telles mutations involontaires, les auteurs concluent néanmoins que les nouveaux résultats “soutiennent l’idée que dans des cas spécifiques, l’édition CRISPR-Cas9 peut précisément éditer le génome au niveau de l’organisme et peut ne pas introduire de nombreuses mutations involontaires hors cible”.

Tout ceci est une bonne chose. C’est la méthode scientifique à l’œuvre, qui consiste à réviser notre interprétation sur la base de nouvelles informations, et si certains affirment que l’article original devrait finalement être rétracté, ce n’est pas encore le cas.

Beaucoup sont probablement encore furieux que l’article original ait été publié. Mais pour l’instant, de nouvelles données ont été mises en lumière et cette recherche nous a permis d’apprendre des choses importantes.

Les résultats préliminaires sont disponibles sur le site de préimpression bioRxiv.

Mise à jour (3 avril 2018) : Nature Methods a officiellement rétracté l’étude originale, et vous pouvez lire l’avis de rétractation dans son intégralité ici.