Les serpents sont la source probable du coronavirus mortel en Chine. Voici pourquoi

Les serpents – le krait et le cobra chinois – pourraient être la source originelle du coronavirus nouvellement découvert qui a déclenché l’apparition d’une maladie respiratoire infectieuse mortelle en Chine cet hiver.

La maladie a été signalée pour la première fois fin décembre 2019 à Wuhan, une grande ville du centre de la Chine, et s’est rapidement propagée. Depuis lors, des voyageurs malades en provenance de Wuhan ont infecté des personnes en Chine et dans d’autres pays, notamment aux États-Unis.

À partir d’échantillons du virus isolés chez les patients, les scientifiques chinois ont déterminé le code génétique du virus et l’ont photographié au microscope.

L’agent pathogène responsable de cette pandémie est un nouveau coronavirus. Il appartient à la même famille de virus que le coronavirus du syndrome respiratoire aigu sévère (SARS-CoV) et le coronavirus du syndrome respiratoire du Moyen-Orient (MERS-CoV), qui ont tué des centaines de personnes au cours des 17 dernières années. L’Organisation mondiale de la santé (OMS) a nommé le nouveau coronavirus 2019-nCoV.

En tant que virologues et rédacteurs en chef de revues, nous suivons de près cette épidémie, car il faut répondre à de nombreuses questions pour enrayer la propagation de cette menace pour la santé publique.

Qu’est-ce qu’un coronavirus ?

Le nom de coronavirus vient de sa forme, qui ressemble à une couronne ou à une couronne solaire lorsqu’elle est imagée à l’aide d’un microscope électronique.

Le coronavirus se transmet par voie aérienne et infecte principalement les voies respiratoires supérieures et le tractus gastro-intestinal des mammifères et des oiseaux. Bien que la plupart des membres de la famille des coronavirus ne provoquent que de légers symptômes de type grippal pendant l’infection, le SRAS-CoV et le MERS-CoV peuvent infecter les voies respiratoires supérieures et inférieures et provoquer une maladie respiratoire grave et d’autres complications chez l’homme.

Ce nouveau 2019-nCoV provoque des symptômes similaires à ceux du SRAS-CoV et du MERS-CoV. Les personnes infectées par ces coronavirus souffrent d’une grave réaction inflammatoire.

Malheureusement, il n’existe pas de vaccin ou de traitement antiviral approuvé pour l’infection à coronavirus. Une meilleure compréhension du cycle de vie du 2019-nCoV, y compris la source du virus, son mode de transmission et son mode de réplication, est nécessaire pour prévenir et traiter la maladie.

Transmission zoonotique

Le SRAS et le MERS sont tous deux classés parmi les maladies virales zoonotiques, ce qui signifie que les premiers patients qui ont été infectés ont acquis ces virus directement auprès d’animaux. Cela a été possible parce que pendant qu’il était dans l’hôte animal, le virus avait acquis une série de mutations génétiques qui lui permettaient d’infecter et de se multiplier à l’intérieur des humains.

Aujourd’hui, ces virus peuvent être transmis de personne à personne. Des études de terrain ont révélé que la source originelle du SRAS-CoV et du MERS-CoV est la chauve-souris, et que les civettes palmistes masquées (un mammifère originaire d’Asie et d’Afrique) et les chameaux, respectivement, ont servi d’hôtes intermédiaires entre les chauves-souris et les humains.

Dans le cas de cette épidémie de coronavirus de 2019, les rapports indiquent que la plupart des patients hospitalisés du premier groupe étaient des travailleurs ou des clients d’un marché de gros local de fruits de mer qui vendait également des viandes transformées et des animaux vivants consommables, notamment des volailles, des ânes, des moutons, des cochons, des chameaux, des renards, des blaireaux, des rats bambous, des hérissons et des reptiles.

Cependant, comme personne n’a jamais signalé avoir trouvé un coronavirus infectant des animaux aquatiques, il est plausible que le coronavirus puisse provenir d’autres animaux vendus sur ce marché.

L’hypothèse selon laquelle le coronavirus 2019 a sauté d’un animal sur le marché est fortement soutenue par une nouvelle publication dans le Journal of Medical Virology. Les scientifiques ont effectué une analyse et comparé les séquences génétiques du 2019-nCoV et de tous les autres coronavirus connus.

L’étude du code génétique du 2019-nCoV révèle que le nouveau virus est le plus étroitement lié à deux échantillons de coronavirus de type SRAS provenant de Chine, suggérant initialement que, comme le SRAS et le MERS, la chauve-souris pourrait également être à l’origine du 2019-nCoV.

Les auteurs ont également constaté que la séquence codant l’ARN viral de la protéine spike du 2019-nCoV, qui forme la “couronne” de la particule virale qui reconnaît le récepteur sur une cellule hôte, indique que le virus de la chauve-souris pourrait avoir muté avant d’infecter les humains.

Mais lorsque les chercheurs ont effectué une analyse bioinformatique plus détaillée de la séquence du 2019-nCoV, celle-ci suggère que ce coronavirus pourrait provenir des serpents.

Des chauves-souris aux serpents

Les chercheurs ont utilisé une analyse des codes protéiques privilégiés par le nouveau coronavirus et l’ont comparée aux codes protéiques des coronavirus trouvés chez différents hôtes animaux, comme les oiseaux, les serpents, les marmottes, les hérissons, les manis, les chauves-souris et les humains. Étonnamment, ils ont découvert que les codes protéiques du 2019-nCoV sont les plus similaires à ceux utilisés chez les serpents.

Les serpents chassent souvent les chauves-souris dans la nature. Des rapports indiquent que des serpents étaient vendus sur le marché local des fruits de mer à Wuhan, ce qui soulève la possibilité que le 2019-nCoV soit passé de l’espèce hôte – les chauves-souris – aux serpents puis aux humains au début de cette épidémie de coronavirus. Cependant, la façon dont le virus a pu s’adapter à des hôtes à sang froid et à sang chaud reste un mystère.

Les auteurs du rapport et d’autres chercheurs doivent vérifier l’origine du virus par des expériences en laboratoire. La recherche de la séquence 2019-nCoV chez les serpents serait la première chose à faire.

Cependant, depuis l’épidémie, le marché des fruits de mer a été désinfecté et fermé, ce qui rend difficile la recherche de l’animal source du nouveau virus.

L’échantillonnage de l’ARN viral des animaux vendus sur le marché et des serpents et chauves-souris sauvages est nécessaire pour confirmer l’origine du virus. Néanmoins, les résultats rapportés permettront également de développer des protocoles de prévention et de traitement.

L’épidémie de 2019-nCoV rappelle une fois de plus que les gens devraient limiter la consommation d’animaux sauvages pour prévenir les infections zoonotiques.

Cet article a été mis à jour pour préciser que le matériel génétique du virus était de l’ARN et non de l’ADN.

Haitao Guo, professeur de microbiologie et de génétique moléculaire, Université de Pittsburgh ; Guangxiang “George” Luo, professeur de microbiologie, Université de l’Alabama à Birmingham, et Shou-Jiang Gao, professeur de microbiologie et de génétique moléculaire, Université de Pittsburgh.