L’intelligence artificielle a trouvé un ancêtre “fantôme” inconnu dans le génome humain

Personne ne sait qui elle était, juste qu’elle était différente : une adolescente d’il y a plus de 50 000 ans, si singulière qu’elle semblait être un ancêtre “hybride” de l’homme moderne, ce que les scientifiques n’avaient jamais vu auparavant.

Ce n’est que maintenant que les chercheurs ont découvert des preuves qu’elle n’était pas seule. Dans une nouvelle étude analysant le fouillis complexe de la préhistoire de l’humanité, des scientifiques ont utilisé l’intelligence artificielle (IA) pour identifier une espèce ancestrale inconnue que les humains modernes ont rencontrée – et avec laquelle ils ont eu des badinages – lors de leur long périple hors d’Afrique il y a des millénaires.

“Il y a environ 80 000 ans, ce que l’on appelle l’Out of Africa s’est produit, lorsqu’une partie de la population humaine, qui était déjà composée d’humains modernes, a abandonné le continent africain et a migré vers d’autres continents, donnant naissance à toutes les populations actuelles”, explique le biologiste évolutionniste Jaume Bertranpetit de l’Universitat Pompeu Fabra en Espagne.

En se frayant un chemin dans la masse continentale de l’Eurasie, les humains modernes ont aussi fait d’autres progrès : ils se sont reproduits avec des hominidés anciens et éteints appartenant à d’autres espèces.

Jusqu’à récemment, on pensait que ces partenaires sexuels occasionnels comprenaient les Néandertaliens et les Denisoviens, ces derniers étant inconnus jusqu’en 2010.

Mais aujourd’hui, un troisième ex d’il y a longtemps a été isolé dans l’ADN eurasien, grâce à des algorithmes d’apprentissage profond passant au crible une masse complexe de code génétique humain ancien et moderne.

En utilisant une technique statistique appelée inférence bayésienne, les chercheurs ont trouvé des preuves de ce qu’ils appellent une “troisième introgression” – une population archaïque “fantôme” avec laquelle les humains modernes se sont croisés pendant l’exode africain.

“Cette population est soit apparentée au clade Neandertal-Denisova, soit a divergé précocement de la lignée Denisova”, écrivent les chercheurs Neandertal et Denisovans. dans leur article, ce qui signifie qu’il est possible que cette troisième population dans l’histoire sexuelle de l’humanité ait été un mélange même de

En un sens, du point de vue de l’apprentissage profond, il s’agit d’une sorte de corroboration hypothétique du “fossile hybride” d’adolescente identifié l’année dernière, bien qu’il soit encore trop tôt et que les projets de recherche ne soient pas directement liés.

“Notre théorie coïncide avec le spécimen hybride découvert récemment à Denisova, bien que nous ne puissions pas encore exclure d’autres possibilités”, déclare l’un des membres de l’équipe, le génomicien Mayukh Mondal de l’université de Tartu en Estonie.

Cela dit, les découvertes dans ce domaine scientifique ne cessent d’affluer.

L’année dernière, une autre équipe de chercheurs a identifié des preuves de ce qu’elle a appelé un “troisième événement de croisement certain” entre les Denisovans et les Néandertaliens, et deux articles publiés il y a tout juste quinze jours ont retracé la chronologie de la façon dont ces espèces éteintes se sont croisées et métissées avec plus de détails que jamais auparavant.

Il y a encore beaucoup de recherches à faire dans ce domaine. L’application de ce type d’analyse IA est une technique résolument nouvelle dans le domaine de l’ascendance humaine, et les preuves fossiles connues dont nous disposons sont étonnamment rares.

Mais d’après les recherches, ce que l’équipe a découvert n’explique pas seulement un processus d’introgression oublié depuis longtemps – c’est un batifolage qui, à sa manière, informe une partie de ce que nous sommes aujourd’hui.

“Nous avons pensé essayer de trouver ces endroits de haute divergence dans le génome, de voir lesquels sont des Néandertaliens et lesquels sont des Denisovans, puis de voir si ceux-ci expliquent l’ensemble du tableau”, a déclaré Bertranpetit au Smithsonian.

“Il se trouve que si l’on soustrait les parties Néandertaliennes et Denisoviennes, il y a encore quelque chose dans le génome qui est très divergent”

Les résultats sont publiés dans la revue Nature Communications.